ssmuБюллетень сибирской медициныBulletin of Siberian Medicine1682-03631819-3684Siberian State Medical University, the Ministry of Healthcare of the Russian Federation10.20538/1682-0363-2014-5-55-61ssmu-221Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИORIGINAL PAPERSОСОБЕННОСТИ МИКРОБИОТЫ КИШЕЧНИКА У БОЛЬНЫХ ХРОНИЧЕСКОЙ ОБСТРУКТИВНОЙ БОЛЕЗНЬЮ ЛЕГКИХFEATURES OF THE INTESTINAL MICROBIOTA IN PATIENTS WITH CHRONIC OBSTRUCTIVE PULMONARY DISEASEОгородоваА. М.OgorodovaL. M.

Огородова Людмила Михайловна — доктор медицинских наук, профессор, член-корреспондент РАМН, зав. кафедрой факультетской педиатрии с курсом детских болезней лечебного факультета СибГМУ, заместитель министра науки и образования Российской Федерации

s-fedosenko@mail.ruГоворунВ. М.GovorunV. M.

Говорун Вадим Маркович — доктор биологических наук, профессор, член-корреспондент РАН, заместитель директора по научной работе

s-fedosenko@mail.ruФедосенкоС. В.FedosenkoS. V.

Федосенко Сергей Вячеславович — кандидат медицинских наук, докторант кафедры госпитальной терапии с курсом физической реабилитации и спортивной медицины

s-fedosenko@mail.ruКартушкинаМ. А.KarnaushkinaM. A.

Карнаушкина Мария Александровна — кандидат медицинских наук, ассистент кафедры пульмонологии �ой реабилитации и спортивной медицины :City>

s-fedosenko@mail.ruСалтыковаИ. В.SaltykovaI. V.

Салтыкова Ирина Владимировна — кандидат медицинских наук, младший научный сотрудник Центральной научно-исследовательской лаборатории

Saltykova Irina V.

s-fedosenko@mail.ruАлексеевД. Г.AlekseyevD. G.

лексеев Дмитрий Глебович — кандидат биологических наук, зав. лабораторией биоинформатики span>

 

Alekseyev Dmitry G.

s-fedosenko@mail.ruКострюковаЕ. С.KostrytikovaYe. S.

Кострюкова Елена Сергеевна — кандидат биологических наук, зав. лабораторией постгеномных исследований в биологии НИИ физико-химической медицины

s-fedosenko@mail.ruТяхтА. В.TyakhtA. V.

Тяхт Александр Викторович — младший научный сотрудник лаборатории биоинформатики

s-fedosenko@mail.ruПопенкоА. С.PopenkoA. S.

Попенко Анна Сергеевна — аспирант, лаборант лаборатории биоинформатики

s-fedosenko@mail.ruСибирский государственный медицинский университет, ТомскРоссияSiberian State Medical University, TomskRussian FederationНИИ физико-химической медицины ФМБА РоссииРоссияResearch Institute for Physico-Chemical Medicine, FMBA, MoscowRussian FederationМосковский государственный медико-стоматологический университет им. А.И. Евдокимова, МоскваРоссияA .I. Yevdokimov Moscow State University o f Medicine and Dentistry, MoscowRussian FederationНИИ физико-химической медицины ФМБА России, МоскваРоссияResearch Institute for Physico-Chemical Medicine, FMBA, MoscowRussian Federation2014281020141355561Copyright © Огородова А.М., Говорун В.М., Федосенко С.В., Картушкина М.А., Салтыкова И.В., Алексеев Д.Г., Кострюкова Е.С., Тяхт А.В., Попенко А.С., 20142014Огородова А.М., Говорун В.М., Федосенко С.В., Картушкина М.А., Салтыкова И.В., Алексеев Д.Г., Кострюкова Е.С., Тяхт А.В., Попенко А.С.Ogorodova L.M., Govorun V.M., Fedosenko S.V., Karnaushkina M.A., Saltykova I.V., Alekseyev D.G., Kostrytikova Y.S., Tyakht A.V., Popenko A.S.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://bulletin.ssmu.ru/jour/article/view/221

В статье обобщены результаты исследований, посвященных изучению состава сообщества микроорганизмов в образцах кала больных хронической обструктивной болезнью легких (ХОБЛ) и здоровых добровольцев методом полногеномного метагеномного секвенирования. Показано, что сообщество микроорганизмов кишечника у пациентов с ХОБЛ характеризуется столь же разнообразным таксономическим составом метагеномов, что и микробиота здоровых добровольцев. При этом нормальный состав кишечной микробиоты у больных ХОБЛ подвергается качественной и количественной модификации. В отличие от здоровых добровольцев, кишечная микробиота у больных ХОБЛ характеризуется присутствием таких представителей Proteobacteria, как Citrobacter, Enterobacter, Eggerthella, Proteus,Salmonella, Anaerococcus, Clostridium difficile, Pseudomonas, а также более высокой обсемененностью грибками рода Candida (Candida dubliniensis и Candida albicans).

The article summarizes the results of studies on the composition of microbial communities in stool samples of patients with chronic obstructive pulmonary disease (COPD) compared with healthy volunteers using genome-metagenomic sequencing. It is shown that the microbial community of the intestine in COPD patients is characterized as diverse taxonomic composition of metagenomes that the healthy volunteers microbiota. In this case, the normal composition of intestinal microbiota in patients with COPD is exposed to the qualitative and quantitative modifications. In contrast to healthy volunteers, the intestinal microbiota in patients with COPD is characterized by the presence of representatives of the Proteobacteria, as Citrobacter, Enterobacter, Eggerthella,Proteus, Salmonella, Anaerococcus, Clostridium difficile, Pseudomonas, as well as higher insemination fungus genusCandida (Candida dubliniensis and Candida albicans).

сообщество микроорганизмов кишечникакишечная микробиотаполногеномное метагеномное секвенированиеХОБЛcommunity of microorganisms of the intestinethe intestinal microbiotagenome-metagenomic sequencingCOPDReferencesAbt M.C., Artis D. The intestinal microbiota in health and disease: the influence of microbial products on immune cell homeostasis // Curr. Opin. Gastroenterol. 2009. 25. P. 496–502.Abt M.C., Artis D. The intestinal microbiota in health and dis-ease: the influence of microbial products on immune cell ho-meostasis. Curr Opin Gastroenterol, 2009, 25, pp. 496–502.Staley J.T., Konopka A. Measurement of in situ activities of nonphotosynthetic microorganisms in aquatic and terrestrial habitats // Annu. Rev. Microbiol. 1985. 39. P. 321–346.Staley J.T., Konopka A. Measurement of in situ activities of nonphotosynthetic microorganisms in aquatic and terrestrial habitats. Annu. Rev. Microbiol., 1985, 39, pp. 321–346.Global Initiative for Chronic Obstructive Lung Disease (GOLD). URL: http://www.goldcopd.org/uploads/users/fi-les/GOLD_Report_2011_Feb21.pdfGlobal Initiative for Chronic Obstructive Lung Disease (GOLD). URL: http://www.goldcopd.org/uploads/users/fi-les/GOLD_Report_2011_Feb21.pdfHooper L.V., Gordon J.I. Commensal host-bacterial rela-tionships in the gut // Science. 2001. 292. P. 1115–1118.Hooper L.V., Gordon J.I. Commensal host-bacterial relation-ships in the gut. Science, 2001, 292, pp. 1115–1118.Tyakht A.V., Kostryukova E.S., Popenko A.S., Belenikin M.S., Pavlenko A.V., Larin A.K., Govorun V.M. Human gut microbiota community structures in urban and rural popula-tions in Russia // Nat. Commun. 2013. 4.Tyakht A.V., Kostryukova E.S., Popenko A.S., Belenikin M.S., Pavlenko A.V., Larin A.K., Govorun V.M. Human gut microbiota community structures in urban and rural popula-tions in Russia. Nat Commun, 2013, 4.De Filippo C., Cavalieri D., Di Paola M., Ramazzotti M., Poullet J.B., Massart S., Collini S., Pieraccini G., Lionetti P. Impact of diet in shaping gut microbiota revealed by a com-parative study in children from Europe and rural Africa // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2010. 107 (33). P. 14691–14696.De Filippo C., Cavalieri D., Di Paola M., Ramazzotti M., Poullet J.B., Massart S., Collini S., Pieraccini G., Lionetti P. Impact of diet in shaping gut microbiota revealed by a com-parative study in children from Europe and rural Africa. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2010, 107 (33), pp. 14691–14696.Arumugam М., Raes J., Pelletier E., Le Paslier D. et al. Enterotypes of the human gut microbiome // Nature. 2011. 12, 473 (7346). P. 174–180.Arumugam М., Raes J., Pelletier E., Le Paslier D. et al. Enterotypes of the human gut microbiome. Nature, 2011, 12, 473 (7346), pp. 174–180.Joseph N., Paulson O., Colin Stine, Héctor Corrada Bravo, Mihai Pop. Differential abundance analysis for microbial marker-gene surveys // Nat. Methods. 2013. 10 (12). P. 1200–1202.Joseph N., Paulson O., Colin Stine, Héctor Corrada Bravo, Mihai Pop. Differential abundance analysis for microbial marker-gene surveys. Nat. Methods, 2013, 10 (12), pp. 1200–1202.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.