Острикова Ольга Ивановна - аспирант кафедры фармакологии
4-метил-2,6-диизоборнилфенол (диборнол) – перспективное лекарственное средство с гемореологической активностью. Гликофорин А – один из белков мембраны эритроцитов, участвующий в агрегации и, возможно, опосредующий гемореологические эффекты диборнола.
Цель исследования – провести моделирование взаимодействия диборнола и гликофорина А c помощью компьютерных программ АutoDock и HexServer.
Материал и методы. В работе использованы трехмерные модели молекул диборнола и гликофорина А. Информация о трехмерной модели гликофорина А была получена из базы данных RCSB Protein Data Bank – 1AFO. Моделирование трехмерной модели молекулы 4-метил-2,6-диизоборнилфенол (диборнола) проведено с использованием PRODRG Server.
Результаты. Приведены результаты компьютерного моделирования взаимодействия диборнола с гликофорином А, выполненного с помощью программ HexServer и AutoDock. С учетом электростатических свойств молекулы гликофорина А оптимальным сайтом связывания является позиция в цепи А VAL83, в цепи В – ALA82, GLY83, GLY86, THR87. Энергия связи, определенная средствами AutoDock, составила –6,73 ккал/моль, HexServer – –2,89 ккал/моль. Заряд молекулярного комплекса диборнол-гликофорин А равен –4,126 (заряд нативной молекулы гликофорина А – –4,003).
Заключение. Комплексное использование программ AutoDock и HexServer помогает существенно сократить временные и вычислительные ресурсы в процессе моделирования. Исследование выявило аминокислоты, которые могут играть ключевую роль во взаимодействии диборнола с гликофорином А: в цепи А – VAL83, в цепи В – ALA82, GLY83, GLY86, THR87. Проведенное исследование дало основания предполагать, что в результате подобного взаимодействия диборнол может препятствовать слипанию эритроцитов.
4-methyl-2,6-diisobornilphenol (dibornol) – a promising drug with a hemorheological activity. Glycophorin A is one of erythrocyte membrane proteins involved in the aggregation and possibly mediating rheological effects of dibornol.
Objective: to conduct a modeling of the interaction dibornol and glycophorin A by AutoDock and HexServer programs.
Material and methods. We used three-dimensional models of molecules dibornol and glycophorin A. Information on the three-dimensional model of glycophorin A was received from the database RCSB Protein Data Bank – 1AFO. Modeling the three-dimensional model of a dibornol (4-methyl-2,6- diisobornilfenol) was modeling by PRODRG Server.
Results. This paper presents the results of computer modeling of interaction dibornol and glycophorin A by HexServer and AutoDock programs. We used the electrostatic properties of the molecule glycophorin A, site of interaction is position chain A VAL83, chain B – ALA82, GLY83, GLY86, THR87. The energy of binding was –6.73 kcal/mol by AutoDock program, HexServer – –2.89 kcal/mol. The charge of the molecular complex dibornol-glycophorin A decreased to –4.126 (the charge of the native molecule glycophorin A – –4.003).
Conclusion. Integrated use of the program AutoDock and HexServer helps significantly reduce the time and computational resources in the modeling. The study identified the amino acids that may play a key role in the interaction with dibornol glycophorin A. This study has given us reason to believe that as a result of such interaction dibornol may prevent adhesion of red blood cells.
The authors declare that there are no conflicts of interest present.