Медицина является слабо формализованной предметной областью, поэтому при создании обучающих компьютерных программ необходимо предварительное исследование структуры используемых для этого знаний. В качестве универсальной модели представления знаний в высшем медицинском образовании можно предложить семантическую сеть, в которой связи между узлами интерпретируются как степень их смысловой близости. Адекватной методологией исследования структуры знаний является теория графов, а результаты исследования служат основой выбора специфичных моделей представления знаний и оптимальных путей навигации по программе. На процесс обучения должны влиять также индивидуальные характеристики студентов. Таким образом, основными принципами разработки компьютерных обучающих программ в высшем медицинском образовании являются моделирование структуры знаний предметной области и индивидуальная навигация обучения.