ssmuБюллетень сибирской медициныBulletin of Siberian Medicine1682-03631819-3684Siberian State Medical University, the Ministry of Healthcare of the Russian Federation10.20538/1682-0363-2024-2-65-73ssmu-5663Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИORIGINAL PAPERSРезультаты секвенирования гена UGT1A1 у лиц с фенотипом синдрома ЖильбераResults of UGT1A1 gene sequencing in individuals with the Gilbert syndrome phenotypehttps://orcid.org/0000-0002-9460-6294ИвановаА. А.IvanovaA. A.

Иванова Анастасия Андреевна – канд. мед. наук, ст. науч. сотрудник, лаборатория молекулярно-генетических исследований терапевтических заболеваний 

630089, г. Новосибирск, ул. Б. Богаткова, 175/1

175/1, B. Bogatkova Str., Novosibirsk, 630089

ivanova_a_a@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0003-3772-1058АпарцеваН. Е.ApartsevaN. E.

Апарцева Наталья Евгеньевна – аспирант, мл. науч. сотрудник, лаборатория генетических и средовых детерминант жизненного цикла человека 

630089, г. Новосибирск, ул. Б. Богаткова, 175/1

175/1, B. Bogatkova Str., Novosibirsk, 630089

tusya_evdokimova@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-1968-9712КаширинаА. П.KashirinaA. P.

Каширина Анастасия Петровна – аспирант, мл. науч. сотрудник, лаборатория генетических и средовых детерминант жизненного цикла человек 

630089, г. Новосибирск, ул. Б. Богаткова, 175/1

175/1, B. Bogatkova Str., Novosibirsk, 630089

kashirina_a_p_91@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0003-1501-6796НемцоваЕ. Г.NemcovaE. G.

Немцова Елена Геннадьевна – канд. мед. наук, доцент, кафедра пропедевтики внутренних болезней, гастроэнтерологии и диетологии им. С.М. Рысса, лечебный факультет 

191015, г. Санкт-Петербург, ул. Кирочная, 41

41, Kirochnaya Str., Saint Petersburg, 191015

neg-85@yandex.ruИвановаЮ. В.IvanovaJu. V.

Иванова Юлия Владимировна – ординатор 

630089, г. Новосибирск, ул. Б. Богаткова, 175/1

175/1, B. Bogatkova Str., Novosibirsk, 630089

juliaivanovvaa@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0003-0077-3823КручининаМ. В.KruchininaM. V.

Кручинина Маргарита Витальевна – д-р мед. наук, доцент, вед. науч. сотрудник, лаборатория гастроэнтерологии 

630089, г. Новосибирск, ул. Б. Богаткова, 175/1

175/1, B. Bogatkova Str., Novosibirsk, 630089

kruchmargo@yandex.ruКуриловичС. А.KurilovichS. A.

Курилович Светлана Арсентьевна – д-р мед. наук, профессор, зав. лабораторией гастроэнтерологии 

630089, г. Новосибирск, ул. Б. Богаткова, 175/1

175/1, B. Bogatkova Str., Novosibirsk, 630089

kurilovich@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0002-7165-4496МаксимовВ. Н.MaksimovV. N.

Максимов Владимир Николаевич – д-р мед. наук, профессор, гл. науч. сотрудник, лаборатория молекулярно-генетических исследований терапевтических заболеваний 

630089, г. Новосибирск, ул. Б. Богаткова, 175/1

175/1, B. Bogatkova Str., Novosibirsk, 630089

medik11@mail.ruНаучно-исследовательский институт терапии и профилактической медицины – филиал Федерального исследовательского центра «Институт цитологии и генетики» Сибирского отделения Российской академии наук (НИИТПМ – филиал ИЦиГ СО РАН)РоссияResearch Institutе of Internal and Preventive Medicine – Branch of the Institute of Cytology and Genetics, Siberian Branch of the Russian Academy of SciencesRussian FederationСеверо-Западный государственный медицинский университет (СЗГМУ) им. И.И. МечниковаРоссияNorth-Western State Medical University named after I.I. MechnikovRussian Federation2024100720242326573Copyright © Иванова А.А., Апарцева Н.Е., Каширина А.П., Немцова Е.Г., Иванова Ю.В., Кручинина М.В., Курилович С.А., Максимов В.Н., 20242024Иванова А.А., Апарцева Н.Е., Каширина А.П., Немцова Е.Г., Иванова Ю.В., Кручинина М.В., Курилович С.А., Максимов В.Н.Ivanova A.A., Apartseva N.E., Kashirina A.P., Nemcova E.G., Ivanova J.V., Kruchinina M.V., Kurilovich S.A., Maksimov V.N.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://bulletin.ssmu.ru/jour/article/view/5663

Цель. Оценка эффективности прямого автоматического секвенирования гена UGT1A1 для поиска мутаций у пациентов с фенотипом синдрома Жильбера. Материалы и методы. Проведено прямое автоматическое секвенирование по Сэнгеру экзонов и части промотора гена UGT1А1 для 24 человек с непрямой гипербилирубинемией, у которых были исключены все другие ее причины, кроме генетических, и сделан ДНК-анализ на определение количества ТА-повторов в промоторе гена UGT1А1 (rs3064744). Распределение генотипов rs3064744 в группе: пять человек – генотип 7ТА/7ТА, пять человек – генотип 6ТА/6ТА, 12 человек – генотип 6ТА/7ТА, один человек – генотип 5ТА/7ТА, один человек – генотип 6ТА/8ТА. ДНК выделена методом фенолхлороформной экстракции или экспресс-методами. Секвенирование выполнено методом капиллярного электрофореза на аппарате Hitachi 3500 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, США). Результаты. Идентифицированы однонуклеотидные варианты неопределенной клинической значимости rs3755319 (у 21 человека) и rs28899472 (у трех человек с генотипом 7ТА/7ТА rs3064744) в промоторе гена UGT1A1, rs2125984650 в 1-м экзоне гена UGT1A1 (у одного человека с генотипом 5ТА/7ТА rs3064744). У двух лиц с генотипами 6ТА/7ТА rs3064744 выявлены варианты гена, которые являются патогенными и вероятно патогенными для синдрома Жильбера по данным некоторых источников (rs4148323, rs1273237448). Заключение. Прямое автоматическое секвенирование по Сэнгеру гена UGT1A1 может быть следующим этапом ДНК-анализа после определения генотипа rs3064744 для лиц с генотипами 6ТА/6ТА, 6ТА/7ТА rs3064744 и подозрением на синдром Жильбера.

Aim. To evaluate the effectiveness of automated Sanger sequencing of the UGT1A1 gene to search for pathogenic mutations in individuals with the Gilbert syndrome phenotype. Materials and methods. Automated Sanger sequencing of exons and part of the promoter in the UGT1A1 gene was carried out for 24 people with unconjugated hyperbilirubinemia, in whom all other causes except for genetic ones were excluded and DNA analysis was performed to determine the number of TA repeats in the promoter of the UGT1A1 gene (rs3064744). Distribution of rs3064744 genotypes in the group was the following: 5 people – 7TA/7TA genotype, 5 people – 6TA/6TA genotype, 12 people – 6TA/7TA genotype, 1 person – 5TA/7TA genotype, 1 person – 6TA/8TA genotype. DNA was isolated using phenol – chloroform extraction or express methods. The sequencing was performed by capillary electrophoresis on the Hitachi 3500 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, USA). Results. Single nucleotide variants of uncertain significance were identified: rs3755319 (in 21 people) and rs28899472 (in three people with the 7TA/7TA genotype of rs3064744) in the promoter of the UGT1A1 gene, rs2125984650 in the first exon of the UGT1A1 gene (in one person with the 5TA/7TA genotype of rs3064744). In two individuals with the 6TA/7TA genotype of rs3064744, gene variants were identified that were pathogenic or likely pathogenic for the Gilbert syndrome according to some sources (rs4148323, rs1273237448). Conclusion. According to the results of the study, automated Sanger sequencing of the UGT1A1 gene may be the next stage of DNA analysis after determining the rs3064744 genotype for individuals with 6TA/6TA, 6TA/7TA rs3064744 genotypes and suspected Gilbert syndrome.

синдром Жильбераген UGT1A1неконъюгированная гипербилирубинемиясеквенирование по СэнгеруGilbert syndromeUGT1A1 geneunconjugated hyperbilirubinemiaSanger sequencingИсследование выполнено за счет гранта Российского научного фонда № 23- 25-00062.The study was supported by the Russian Science Foundation Grant No. 23-25-00062.ReferencesИванова А.А., Гуражева А.А., Мельникова Е.С., Максимов В.Н., Немцова Е.Г. Исследование молекулярно-генетических маркеров синдрома Жильбера. Бюллетень сибирской медицины. 2023;22(2):39–45. DOI: 10.20538/1682-0363-2023-2-39-45.Иванова А.А., Гуражева А.А., Мельникова Е.С., Максимов В.Н., Немцова Е.Г. Исследование молекулярно-генетических маркеров синдрома Жильбера. Бюллетень сибирской медицины. 2023;22(2):39–45. DOI: 10.20538/1682-0363-2023-2-39-45.Abdellaoui N., Abdelmoula B., Abdelhedi R., Kharrat N., Tabebi M., Rebai A. et al. Novel combined UGT1A1 mutations in Crigler Najjar syndrome type I. J. Clin. Lab. Anal. 2022;36(6):e24482. DOI: 10.1002/jcla.24482.Abdellaoui N., Abdelmoula B., Abdelhedi R., Kharrat N., Tabebi M., Rebai A. et al. Novel combined UGT1A1 mutations in Crigler Najjar syndrome type I. J. Clin. Lab. Anal. 2022;36(6):e24482. DOI: 10.1002/jcla.24482.Costa E., Vieira E., Martins M., Saraiva J., Cancela E., Costa M. et al. Analysis of the UDP-glucuronosyltransferase gene in Portuguese patients with a clinical diagnosis of Gilbert and Crigler-Najjar syndromes. Blood Cells Mol. Dis. 2006;36(1):91–7. DOI: 10.1016/j.bcmd.2005.09.002.Costa E., Vieira E., Martins M., Saraiva J., Cancela E., Costa M. et al. Analysis of the UDP-glucuronosyltransferase gene in Portuguese patients with a clinical diagnosis of Gilbert and Crigler-Najjar syndromes. Blood Cells Mol. Dis. 2006;36(1):91–7. DOI: 10.1016/j.bcmd.2005.09.002.Db SNP rs3755319. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/rs3755319.Db SNP rs3755319. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/rs3755319.Shin H.J., Kim J.Y., Cheong H.S., Na H.S., Shin H.D., Chung M.W. Functional study of haplotypes in UGT1A1 promoter to find a novel genetic variant leading to reduced gene expression. Ther. Drug Monit. 2015;37(3):369–374. DOI: 10.1097/FTD.0000000000000154.Shin H.J., Kim J.Y., Cheong H.S., Na H.S., Shin H.D., Chung M.W. Functional study of haplotypes in UGT1A1 promoter to find a novel genetic variant leading to reduced gene expression. Ther. Drug Monit. 2015;37(3):369–374. DOI: 10.1097/FTD.0000000000000154.Naidoo A., Ramsuran V., Chirehwa M., Denti P., McIlleron H., Naidoo K. et al. Effect of genetic variation in UGT1A and ABCB1 on moxifloxacin pharmacokinetics in South African patients with tuberculosis. Pharmacogenomics. 2018;19(1):17–29. DOI: 10.2217/pgs-2017-0144.Naidoo A., Ramsuran V., Chirehwa M., Denti P., McIlleron H., Naidoo K. et al. Effect of genetic variation in UGT1A and ABCB1 on moxifloxacin pharmacokinetics in South African patients with tuberculosis. Pharmacogenomics. 2018;19(1):17–29. DOI: 10.2217/pgs-2017-0144.Yu Q., Zhang T., Xie C., Qiu H., Liu B., Huang L. et al. UGT1A polymorphisms associated with worse outcome in colorectal cancer patients treated with irinotecan-based chemotherapy. Cancer Chemother. Pharmacol. 2018;82(1):87–98. DOI: 10.1007/s00280-018-3595-7.Yu Q., Zhang T., Xie C., Qiu H., Liu B., Huang L. et al. UGT1A polymorphisms associated with worse outcome in colorectal cancer patients treated with irinotecan-based chemotherapy. Cancer Chemother. Pharmacol. 2018;82(1):87–98. DOI: 10.1007/s00280-018-3595-7.Milton J.N., Sebastiani P., Solovieff N., Hartley S.W., Bhatnagar P., Arking D.E. et al. A genome-wide association study of total bilirubin and cholelithiasis risk in sickle cell anemia. PLoS One. 2012;7(4):e34741. DOI: 10.1371/journal.pone.0034741.Milton J.N., Sebastiani P., Solovieff N., Hartley S.W., Bhatnagar P., Arking D.E. et al. A genome-wide association study of total bilirubin and cholelithiasis risk in sickle cell anemia. PLoS One. 2012;7(4):e34741. DOI: 10.1371/journal.pone.0034741.Db SNP rs28899472. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/rs28899472.Db SNP rs28899472. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/rs28899472.Db SNP rs2125984650. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/rs2125984650#variant_details.Db SNP rs2125984650. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/rs2125984650#variant_details.Db SNP rs1273237448. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/rs1273237448#variant_details.Db SNP rs1273237448. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/rs1273237448#variant_details.ClinVar. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/RCV002221165.1.ClinVar. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/RCV002221165.1.Db SNP rs4148323. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/rs4148323.Db SNP rs4148323. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/rs4148323.Steventon G. Uridine diphosphate glucuronosyltransferase 1A1. Xenobiotica. 2020;50(1):64–76. DOI: 10.1080/00498254.2019.1617910.Steventon G. Uridine diphosphate glucuronosyltransferase 1A1. Xenobiotica. 2020;50(1):64–76. DOI: 10.1080/00498254.2019.1617910.Zhou J., Yang C., Zhu W., Chen S., Zeng Y., Wang J. et al. Identification of Genetic Risk Factors for Neonatal Hyperbilirubinemia in Fujian Province, Southeastern China: A Case-Control Study. Biomed. Res. Int. 2018;2018:7803175. DOI: 10.1155/2018/7803175.Zhou J., Yang C., Zhu W., Chen S., Zeng Y., Wang J. et al. Identification of Genetic Risk Factors for Neonatal Hyperbilirubinemia in Fujian Province, Southeastern China: A Case-Control Study. Biomed. Res. Int. 2018;2018:7803175. DOI: 10.1155/2018/7803175.Bale G., Avanthi U.S., Padaki N.R., Sharma M., Duvvur N.R., Vishnubhotla V.R.K. Incidence and risk of Gallstone disease in Gilbert’s syndrome patients in Indian population. J. Clin. Exp. Hepatol. 2018;8(4):362–366. DOI: 10.1016/j.jceh.2017.12.006.Bale G., Avanthi U.S., Padaki N.R., Sharma M., Duvvur N.R., Vishnubhotla V.R.K. Incidence and risk of Gallstone disease in Gilbert’s syndrome patients in Indian population. J. Clin. Exp. Hepatol. 2018;8(4):362–366. DOI: 10.1016/j.jceh.2017.12.006.Zhang M., Wang H., Huang Y., Xu X., Liu W., Ning Q. et al. Compound heterozygous UGT1A1*28 and UGT1A1*6 or single homozygous UGT1A1*28 are major genotypes associated with Gilbert’s syndrome in Chinese Han people. Gene. 2021;781:145526. DOI: 10.1016/j.gene.2021.145526.Zhang M., Wang H., Huang Y., Xu X., Liu W., Ning Q. et al. Compound heterozygous UGT1A1*28 and UGT1A1*6 or single homozygous UGT1A1*28 are major genotypes associated with Gilbert’s syndrome in Chinese Han people. Gene. 2021;781:145526. DOI: 10.1016/j.gene.2021.145526.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.