ssmuБюллетень сибирской медициныBulletin of Siberian Medicine1682-03631819-3684Siberian State Medical University, the Ministry of Healthcare of the Russian Federation10.20538/1682-0363-2014-4-21-26ssmu-79Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИORIGINAL PAPERSИНФОРМАЦИОННАЯ СРЕДА ДЛЯ ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНЫХ МЕДИКО-БИОЛОГИЧЕСКИХ ВЫЧИСЛЕНИЙHIGH PERFORMANCE INFORMATIONAL ENVIRONMENT FOR CALCULATIONS IN BIOMEDICINEБразовскийК. С.BrazovskyK. S.

Бразовский Константин Станиславович  – кандидат медицинских наук, доцент кафедры медицинской и биологической кибернетики

bks1@mt-tomsk.ruПеккерЯ. С.PekkerYa. S.

Пеккер Яков Семёнович – кандидат технических наук, профессор, зав. кафедрой медицинской и биологической кибернетики

bks1@mt-tomsk.ruДёмкинВ. П.DyomkinV. P.

Дёмкин Владимир Петрович – доктор физико-математических наук, профессор, зав. кафедрой общей и экспериментальной физики

bks1@mt-tomsk.ruУманскийО. С.UmanskyO. S.

Уманский Олег Семёнович – кандидат технических наук, доцент кафедры медицинской и биологической кибернетики

bks1@mt-tomsk.ruТолмачёвИ. В.TolmachyovI. V.

Толмачёв Иван Владиславович – кандидат медицинских наук, доцент кафедры медицинской и биологической кибернетики

bks1@mt-tomsk.ruСибирский государственный медицинский университет, ТомскРоссияSiberian State Medical University, TomskRussian FederationНациональный исследовательский Томский государственный университет, ТомскРоссияNational Research Tomsk State UniversityRussian Federation2014280820141342126Copyright © Бразовский К.С., Пеккер Я.С., Дёмкин В.П., Уманский О.С., Толмачёв И.В., 20142014Бразовский К.С., Пеккер Я.С., Дёмкин В.П., Уманский О.С., Толмачёв И.В.Brazovsky K.S., Pekker Y.S., Dyomkin V.P., Umansky O.S., Tolmachyov I.V.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://bulletin.ssmu.ru/jour/article/view/79

В работе представлен один из возможных подходов к обеспечению экспериментальных и клинических медико-биологических исследований необходимыми вычислительными ресурсами для решения сложных задач обработки биомедицинских данных. Предложенное решение основано на тесном взаимодействии четырех ключевых компонентов современных высокопроизводительных вычислительных комплексов: высокопроизводительного суперкомпьютерного кластера, центра обработки данных, специализированного хранилища данных и защищенных телекоммуникационных каналов. Приведены примеры работ, выполненных с использованием разработанной информационной среды.

высокопроизводительные вычислениямоделирование в биологии и медицинеhigh performance computingmodeling in biology and medicineReferencesДюк В., Эммануэль В. Информационные технологии в медико-биологических исследованиях. СПб.: Питер, 2003. 528 с.Duk V., Emanuel V. Information technology in biomedicine research. St. Petersburg, Piter Publ., 2003. 528 p. (in Russian).Фокин В.А., Пеккер Я.С., Берестнева О.Г., Гергет О.М. Интегральные методы оценки состояния сложных систем // Изв. Том. политехн. ун-та. 2012. Т. 321, № 5. C. 120–124.Fokin V.A., Pekker Ya.S., Berestneva O.G., Gerget O.M. An integral method of evaluation of complex system state. The Bulletin of Tomsk Polytechnic University, 2012, vol. 321, no. 5, pp. 120–124 (in Russian).Бразовский К.С., Демкин В.П., Пеккер Я.С. Трехмерная реконструкция поверхности биологических объектов с использованием высокопроизводительного вычисли-тельного кластера // Биотехносфера. 2012. № 3–4. С. 60–64.Bravovsky K.S., Dyomkin V.P., Pekker Ya.S. Three dimensional reconstruction of surface of biological objects using high performance computing. Biotechosphera, 2012, no. 3–4, pp. 60–64 (in Russian).Fedorov A., Beichel R., Kalpathy-Cramer J., Finet J., Fillion-Robin J.-C. et al. 3D Slicer as an image computing platform for the quantitative imaging network // Magnetic Resonance Imag-ing. 2012. V. 30 (9). P. 1323–1341. PMID: 22770690.Fedorov A., Beichel R., Kalpathy-Cramer J., Finet J., Fillion-Robin J.-C. et al. 3D Slicer as an image computing platform for the quantitative imaging network. Magnetic Resonance Imaging, 2012, vol. 30 (9), pp. 1323–1341. PMID: 22770690.Gleeson P., Crook S., Cannon R.C., Hines M.L., Bil¬lings G.O. et al. NeuroML: A language for describing data driven models of neurons and networks with a high degree of biological detail // PLoS Computational Biology. 2010. V. 6. e1000815. doi:10.1371/journal.pcbi.1000815.Gleeson P., Crook S., Cannon R.C., Hines M.L., Billings G.O. et al. NeuroML: A language for describing data driven models of neurons and networks with a high degree of bio-logical detail. PLoS Computational biology, 2010, vol. 6. e1000815. doi:10.1371/journal.pcbi.1000815.Delorme A., Makeig S. EEGLAB: an open source toolbox for analysis of single-trial EEG dynamics // Journal of Neurosci-ence Methods. 2004. V. 134. P. 9–21.Delorme A., Makeig S. EEGLAB: an open source toolbox for analysis of single-trial EEG dynamics. Journal of Neuro-science Methods, 2004, vol. 134, pp. 9–21.Пеккер Я.С., Бразовский К.С. Моделирование биологических объектов в электроимпедансной томографии // Известия ТПУ. 2004. Т. 307, № 2.Pekker Ya.S., Brazovsky K.S. Biological objects modeling in electrical impedance tomography. The Bulletin of Tomsk Polytechnic University, 2004, vol. 307, no. 2 (in Russian).Bibin L., Anquez J., Alcalde J., Boubekeur T., Angelini E., Bloch I. Whole body pregnant woman modeling by digital geometry processing with detailed utero-fetal unit based on medical images // IEEE Transactions on Biomedical Engi-neering. 2010. V. 57 (10). P. 2346–2358.Bibin L., Anquez J., Alcalde J., Boubekeur T., Angelini E., Bloch I. Whole body pregnant woman modeling by digital geometry processing with detailed utero-fetal unit based on medical images. IEEE Transactions on Biomedical Engineering, 2010, vol. 57 (10), pp. 2346–2358.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.