ssmuБюллетень сибирской медициныBulletin of Siberian Medicine1682-03631819-3684Siberian State Medical University, the Ministry of Healthcare of the Russian Federation10.20538/1682-0363-2012-6-42-46ssmu-849Research ArticleЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ И КЛИНИЧЕСКИЕ ИССЛЕДОВАНИЯEXPERIMENTAL AND CLINICAL INVESTIGATIONSМетод выделения ДНК O. Felineus для выявления описторхозаO. felineus DNA extraction method for opisthorchiasis detectionДоминоваИ. Н.DominovaI. N.IDominova@kantiana.ruПатрушевМ. В.PatrushevM. V.IDominova@kantiana.ruОгородоваЛ. М.OgorodovaL. M.IDominova@kantiana.ruНовицкийВ. В.NovitskyV. V.IDominova@kantiana.ruБалтийский федеральный университет им. И. Канта, г. КалининградRussian FederationСибирский государственный медицинский университет, г. Томск Russian FederationСибирский государственный медицинский университет, г. ТомскRussian Federation2012281220121164246Copyright © Доминова И.Н., Патрушев М.В., Огородова Л.М., Новицкий В.В., 20122012Доминова И.Н., Патрушев М.В., Огородова Л.М., Новицкий В.В.Dominova I.N., Patrushev M.V., Ogorodova L.M., Novitsky V.V.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://bulletin.ssmu.ru/jour/article/view/849

Проведено сравнение методов выделения ДНК Opisthorchis felineus из образцов фекалий для последующего использования в полимеразной цепной реакции (ПЦР). Сравнительный анализ выбранных методов экстракции ДНК из образцов фекалий, содержащих яйца O. felineus, позволил установить, что наиболее эффективной методикой для идентификации описторхоза посредством ПЦР является модернизированный протокол на основе применения магнитных частиц.

Opisthorchis felineus DNA extraction methods from fecal samples were compared. Comparative analysis of selected methods of DNA extraction from fecal samples containing eggs O. felineus, revealed that the most effective method for the identification of opisthorchiasis by PCR protocol is upgraded through the use of magnetic particles.

Выделение ДНКописторхозмагнитные частицыDNA extractionopisthorchiasismagnetic particlesРабота выполнена при финансовой поддержке Министерства образования и науки Российской Фе-дерации, ГК № 16.522.12.2006.ReferencesОписторхоз: заболеваемость, контрольно-надзорные ме-роприятия и профилактика. Пресс-релиз. Управление Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по Томской об-ласти. 2012.Описторхоз: заболеваемость, контрольно-надзорные ме-роприятия и профилактика. Пресс-релиз. Управление Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по Томской об-ласти. 2012.Banoo S., Bell D., Bossuyt P. et al. TDR Diagnostics Evaluation Expert Panel. Evaluation of diagnostic tests for infectious diseases: general principles // Nat. Rev. Microbiol. 2006. V. 4 (12 Suppl). S. 20—32.Banoo S., Bell D., Bossuyt P. et al. TDR Diagnostics Evaluation Expert Panel. Evaluation of diagnostic tests for infectious diseases: general principles // Nat. Rev. Microbiol. 2006. V. 4 (12 Suppl). S. 20—32.Boom R. et al. Rapid and simple method for purification of nucleic acids // J. Clin. Microbiol. 1990. № 3. Р. 495—503.Boom R. et al. Rapid and simple method for purification of nucleic acids // J. Clin. Microbiol. 1990. № 3. Р. 495—503.Cheng Y.Z., Xu L.S., Chen B.J. et al. Survey on the current status of important human parasitic infections in Fujian prov-ince // Zhongguo Ji Sheng Chong Xue Yu Ji Sheng Chong Bing Za Zhi. 2005. 23. Р. 283—287 [in Chinese].Cheng Y.Z., Xu L.S., Chen B.J. et al. Survey on the current status of important human parasitic infections in Fujian prov-ince // Zhongguo Ji Sheng Chong Xue Yu Ji Sheng Chong Bing Za Zhi. 2005. 23. Р. 283—287 [in Chinese].Chomczynski P., Sacchi N. The single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction. Analytic biochemistry, 1987, 162, 156—159.Chomczynski P., Sacchi N. The single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction. Analytic biochemistry, 1987, 162, 156—159.Duenngai K., Sithithaworn P., Rudrappa U.K. et al. Im-provement of PCR for detection of Opisthorchis viverrini DNA in human stool samples // J. Clin. Microbiol. 2008. Jan. № 46 (1). Р. 366—368.Duenngai K., Sithithaworn P., Rudrappa U.K. et al. Im-provement of PCR for detection of Opisthorchis viverrini DNA in human stool samples // J. Clin. Microbiol. 2008. Jan. № 46 (1). Р. 366—368.Glupov V.V., Khokhlova N.I., Khvoshchevskaia M.F. et al. The use of immunoblotting for studying Opisthorchis felineus (Rivolta, 1884) antigens. Med Parazitol (Mosk) 1997; 1: 17—9 [in Russian].Glupov V.V., Khokhlova N.I., Khvoshchevskaia M.F. et al. The use of immunoblotting for studying Opisthorchis felineus (Rivolta, 1884) antigens. Med Parazitol (Mosk) 1997; 1: 17—9 [in Russian].Le T.H., Van De N., Blair D. et al. Clonorchis sinensis and Opisthorchis viverrini: development of a mitochondrial-based multiplex PCR for their identification and discrimination // Exp. Parasitol. 2006. Feb. № 112 (2). Р. 109—114.Le T.H., Van De N., Blair D. et al. Clonorchis sinensis and Opisthorchis viverrini: development of a mitochondrial-based multiplex PCR for their identification and discrimination // Exp. Parasitol. 2006. Feb. № 112 (2). Р. 109—114.Lun Z., Gasser R.B., Lai D. et al. Clonorchiasis: a key food-borne zoonosis in China // Lancet Infect. Dis. 2005. № 5. Р. 31—41.Lun Z., Gasser R.B., Lai D. et al. Clonorchiasis: a key food-borne zoonosis in China // Lancet Infect. Dis. 2005. № 5. Р. 31—41.Meniavtseva T.A., Ratner G.M., Struchkova S.V. et al. Im-munoenzyme analysis in the diagnosis of opisthorchiasis. I. The development of an immunoenzyme method for deter-mining IgM antibodies to the Opisthorchis antigen // Med. Parazitol. (Mosk.) 1996. № 1. Р. 41—43.Meniavtseva T.A., Ratner G.M., Struchkova S.V. et al. Im-munoenzyme analysis in the diagnosis of opisthorchiasis. I. The development of an immunoenzyme method for deter-mining IgM antibodies to the Opisthorchis antigen // Med. Parazitol. (Mosk.) 1996. № 1. Р. 41—43.Möller B., Schmidt J., Mehlhorn H. PCR diagnosis of infec-tions with different species of Opisthorchiidae using a rapid clean-up procedure for stool samples and specific primers // Parasitol. Res. 2007. № 100. Р. 905—909.Möller B., Schmidt J., Mehlhorn H. PCR diagnosis of infec-tions with different species of Opisthorchiidae using a rapid clean-up procedure for stool samples and specific primers // Parasitol. Res. 2007. № 100. Р. 905—909.Mordvinov V.A., Yurlova N.I., Ogorodova L.M., Kato-khin A.V. Opisthorchis felineus and Metorchis bilis are the main agents of liver fluke infection of humans in Russia // Parasitol. Int. 2012. Mar. № 61 (1). Р. 25—31. Epub 2011 Aug 5.Mordvinov V.A., Yurlova N.I., Ogorodova L.M., Kato-khin A.V. Opisthorchis felineus and Metorchis bilis are the main agents of liver fluke infection of humans in Russia // Parasitol. Int. 2012. Mar. № 61 (1). Р. 25—31. Epub 2011 Aug 5.Nöckler K., Dell K., Schuster R., Voigt W.P. Indirect ELISA for the detection of antibodies against Opisthorchis felineus (Rivolta, 1884) and Metorchis bilis (Braun, 1790) in foxes // Vet. Parasitol. 2003. № 110. Р. 207—215.Nöckler K., Dell K., Schuster R., Voigt W.P. Indirect ELISA for the detection of antibodies against Opisthorchis felineus (Rivolta, 1884) and Metorchis bilis (Braun, 1790) in foxes // Vet. Parasitol. 2003. № 110. Р. 207—215.Nucleic acid isolation from stool samples and other inhibitor-rich biological materials, патент USA 7005266 B2, QIAGEN GMBH.Nucleic acid isolation from stool samples and other inhibitor-rich biological materials, патент USA 7005266 B2, QIAGEN GMBH.Ogorodova L.M., Freidin M.B., Sazonov A.E. et al. A pilot screening of prevalence of atopic states and opisthorchosis and their relationship in people of Tomsk Oblast // Parasitol. Res. 2007. № 101. Р. 1165—1168.Ogorodova L.M., Freidin M.B., Sazonov A.E. et al. A pilot screening of prevalence of atopic states and opisthorchosis and their relationship in people of Tomsk Oblast // Parasitol. Res. 2007. № 101. Р. 1165—1168.Posokhov P.S. Clonorchosis in the Amur River Basin. 1st ed. Khabarovsk: Far East State Medical University; 2004 [in Russian].Posokhov P.S. Clonorchosis in the Amur River Basin. 1st ed. Khabarovsk: Far East State Medical University; 2004 [in Russian].Sato M., Thaenkham U., Dekumyoy P., Waikagul J. Discrimination of O. viverrini, C. sinensis, H. pumilio and H. taichui using nuclear DNA-based PCR targeting ribosomal DNA ITS regions // Acta Trop. 2009. № 109. Р. 81—83.Sato M., Thaenkham U., Dekumyoy P., Waikagul J. Discrimination of O. viverrini, C. sinensis, H. pumilio and H. taichui using nuclear DNA-based PCR targeting ribosomal DNA ITS regions // Acta Trop. 2009. № 109. Р. 81—83.Schuster R., Gregor B., Heidrich J. et al. A seroepidemio-logical survey on the occurrence of opisthorchiid liver flukes in red foxes (Vulpes vulpes) in Berlin, Germany // Parasitol. Res. 2003. № 90. Р. 400—404.Schuster R., Gregor B., Heidrich J. et al. A seroepidemio-logical survey on the occurrence of opisthorchiid liver flukes in red foxes (Vulpes vulpes) in Berlin, Germany // Parasitol. Res. 2003. № 90. Р. 400—404.Sermswan R., Mongkolsuk S., Panyim S., Sirisinha S. Isolation and characterization of Opisthorchis viverrini specific DNA probe // Mol. Cell. Probes. 1991. № 5 (6). Р. 399—407.Sermswan R., Mongkolsuk S., Panyim S., Sirisinha S. Isolation and characterization of Opisthorchis viverrini specific DNA probe // Mol. Cell. Probes. 1991. № 5 (6). Р. 399—407.Sirisinha S., Chawengkirttikul R., Sermswan R. et al. Detection of Opisthorchis viverrini by monoclonal antibody-based ELISA and DNA hybridization // Am. J. Trop. Med. Hyg. 1991. № 44 (2). Р. 140—145.Sirisinha S., Chawengkirttikul R., Sermswan R. et al. Detection of Opisthorchis viverrini by monoclonal antibody-based ELISA and DNA hybridization // Am. J. Trop. Med. Hyg. 1991. № 44 (2). Р. 140—145.Skrjabin K.I., Petrov A.M. Superfamily Opisthorchoidea Faust, 1929. Trematodes of man and animals. Osnovy trema-todologii. Moscow: Nauka, 1950. [in Russian].Skrjabin K.I., Petrov A.M. Superfamily Opisthorchoidea Faust, 1929. Trematodes of man and animals. Osnovy trema-todologii. Moscow: Nauka, 1950. [in Russian].Stensvold C.R., Saijuntha W., Sithithaworn P. et al. Evaluation of PCR based coprodiagnosis of human opisthorchiasis // Acta. Trop. 2006. № 97. Р. 26—30.Stensvold C.R., Saijuntha W., Sithithaworn P. et al. Evaluation of PCR based coprodiagnosis of human opisthorchiasis // Acta. Trop. 2006. № 97. Р. 26—30.Thaenkham U., Visetsuk K., Dung do T., Waikagul J. Dis-crimination of Opisthorchis viverrini from Haplorchis taichui using COI sequence marker // Acta. Trop. 2007. Jul. № 103 (1). Р. 26—32.Thaenkham U., Visetsuk K., Dung do T., Waikagul J. Dis-crimination of Opisthorchis viverrini from Haplorchis taichui using COI sequence marker // Acta. Trop. 2007. Jul. № 103 (1). Р. 26—32.Traub R.J., Monis P.T., Robertson I.D. Molecular epidemiology: a multidisciplinary approach to understanding parasitic zoonoses // Int. J. Parasitol. 2005. № 35. Р. 1295—307.Traub R.J., Monis P.T., Robertson I.D. Molecular epidemiology: a multidisciplinary approach to understanding parasitic zoonoses // Int. J. Parasitol. 2005. № 35. Р. 1295—307.Upatham E.S., Viyanant V. Opisthorchis viverrini and opis-thorchiasis: a historical review and future perspective // Acta. Trop. 2003. Nov. № 88 (3). Р. 171—176.Upatham E.S., Viyanant V. Opisthorchis viverrini and opis-thorchiasis: a historical review and future perspective // Acta. Trop. 2003. Nov. № 88 (3). Р. 171—176.Wongratanacheewin S., Pumidonming W., Sermswan R.W. et al. Development of a PCR-based method for the detection of Opisthorchis viverrini in experimentally infected hamsters // Parasitology. 2001. № 122. Р. 175—180.Wongratanacheewin S., Pumidonming W., Sermswan R.W. et al. Development of a PCR-based method for the detection of Opisthorchis viverrini in experimentally infected hamsters // Parasitology. 2001. № 122. Р. 175—180.Wongratanacheewin S., Pumidonming W., Sermswan R.W. et al. Detection of Opisthorchis viverrini in human stool spec-imens by PCR // J. Clin. Microbiol. 2002. № 40 (10). Р. 3879—3880.Wongratanacheewin S., Pumidonming W., Sermswan R.W. et al. Detection of Opisthorchis viverrini in human stool spec-imens by PCR // J. Clin. Microbiol. 2002. № 40 (10). Р. 3879—3880.Yang S., Rothman R.E. PCR-based diagnostics for infectious diseases: uses, limitations, and future applications in acute-care settings // Lancet Infect. Dis. 2004. № 4. Р. 337—348.Yang S., Rothman R.E. PCR-based diagnostics for infectious diseases: uses, limitations, and future applications in acute-care settings // Lancet Infect. Dis. 2004. № 4. Р. 337—348.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.