ИНФОРМАЦИОННАЯ СРЕДА ДЛЯ ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНЫХ МЕДИКО-БИОЛОГИЧЕСКИХ ВЫЧИСЛЕНИЙ
https://doi.org/10.20538/1682-0363-2014-4-21-26
Аннотация
В работе представлен один из возможных подходов к обеспечению экспериментальных и клинических медико-биологических исследований необходимыми вычислительными ресурсами для решения сложных задач обработки биомедицинских данных. Предложенное решение основано на тесном взаимодействии четырех ключевых компонентов современных высокопроизводительных вычислительных комплексов: высокопроизводительного суперкомпьютерного кластера, центра обработки данных, специализированного хранилища данных и защищенных телекоммуникационных каналов. Приведены примеры работ, выполненных с использованием разработанной информационной среды.
Об авторах
К. С. Бразовский
Сибирский государственный медицинский университет, Томск
Россия
Бразовский Константин Станиславович – кандидат медицинских наук, доцент кафедры медицинской и биологической кибернетики
Россия
Бразовский Константин Станиславович – кандидат медицинских наук, доцент кафедры медицинской и биологической кибернетики
Я. С. Пеккер
Сибирский государственный медицинский университет, Томск
Россия
Пеккер Яков Семёнович – кандидат технических наук, профессор, зав. кафедрой медицинской и биологической кибернетики
Россия
Пеккер Яков Семёнович – кандидат технических наук, профессор, зав. кафедрой медицинской и биологической кибернетики
В. П. Дёмкин
Национальный исследовательский Томский государственный университет, Томск
Россия
Дёмкин Владимир Петрович – доктор физико-математических наук, профессор, зав. кафедрой общей и экспериментальной физики
Россия
Дёмкин Владимир Петрович – доктор физико-математических наук, профессор, зав. кафедрой общей и экспериментальной физики
О. С. Уманский
Сибирский государственный медицинский университет, Томск
Россия
Уманский Олег Семёнович – кандидат технических наук, доцент кафедры медицинской и биологической кибернетики
Россия
Уманский Олег Семёнович – кандидат технических наук, доцент кафедры медицинской и биологической кибернетики
И. В. Толмачёв
Сибирский государственный медицинский университет, Томск
Россия
Толмачёв Иван Владиславович – кандидат медицинских наук, доцент кафедры медицинской и биологической кибернетики
Россия
Толмачёв Иван Владиславович – кандидат медицинских наук, доцент кафедры медицинской и биологической кибернетики
Список литературы
1. Дюк В., Эммануэль В. Информационные технологии в медико-биологических исследованиях. СПб.: Питер, 2003. 528 с.
2. Фокин В.А., Пеккер Я.С., Берестнева О.Г., Гергет О.М. Интегральные методы оценки состояния сложных систем // Изв. Том. политехн. ун-та. 2012. Т. 321, № 5. C. 120–124.
3. Бразовский К.С., Демкин В.П., Пеккер Я.С. Трехмерная реконструкция поверхности биологических объектов с использованием высокопроизводительного вычисли-тельного кластера // Биотехносфера. 2012. № 3–4. С. 60–64.
4. Fedorov A., Beichel R., Kalpathy-Cramer J., Finet J., Fillion-Robin J.-C. et al. 3D Slicer as an image computing platform for the quantitative imaging network // Magnetic Resonance Imag-ing. 2012. V. 30 (9). P. 1323–1341. PMID: 22770690.
5. Gleeson P., Crook S., Cannon R.C., Hines M.L., Bil¬lings G.O. et al. NeuroML: A language for describing data driven models of neurons and networks with a high degree of biological detail // PLoS Computational Biology. 2010. V. 6. e1000815. doi:10.1371/journal.pcbi.1000815.
6. Delorme A., Makeig S. EEGLAB: an open source toolbox for analysis of single-trial EEG dynamics // Journal of Neurosci-ence Methods. 2004. V. 134. P. 9–21.
7. Пеккер Я.С., Бразовский К.С. Моделирование биологических объектов в электроимпедансной томографии // Известия ТПУ. 2004. Т. 307, № 2.
8. Bibin L., Anquez J., Alcalde J., Boubekeur T., Angelini E., Bloch I. Whole body pregnant woman modeling by digital geometry processing with detailed utero-fetal unit based on medical images // IEEE Transactions on Biomedical Engi-neering. 2010. V. 57 (10). P. 2346–2358.
Рецензия
Для цитирования:
Бразовский К.С., Пеккер Я.С., Дёмкин В.П., Уманский О.С., Толмачёв И.В. ИНФОРМАЦИОННАЯ СРЕДА ДЛЯ ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНЫХ МЕДИКО-БИОЛОГИЧЕСКИХ ВЫЧИСЛЕНИЙ. Бюллетень сибирской медицины. 2014;13(4):21-26. https://doi.org/10.20538/1682-0363-2014-4-21-26
For citation:
Brazovsky K.S., Pekker Ya.S., Dyomkin V.P., Umansky O.S., Tolmachyov I.V. HIGH PERFORMANCE INFORMATIONAL ENVIRONMENT FOR CALCULATIONS IN BIOMEDICINE. Bulletin of Siberian Medicine. 2014;13(4):21-26. (In Russ.) https://doi.org/10.20538/1682-0363-2014-4-21-26
Просмотров:
690
Послать статью по эл. почте 